首要是歸納交通運(yùn)送系統(tǒng)、物流服務(wù)系統(tǒng)、流轉(zhuǎn)系統(tǒng)、供應(yīng)鏈管理系統(tǒng)、物流信息服務(wù)系統(tǒng)、物流規(guī)范系統(tǒng)、世界物流系統(tǒng)、應(yīng)急物流系統(tǒng)等不完善。
歸納交通運(yùn)送系統(tǒng)沒(méi)有完全構(gòu)成。高效便捷、才能充沛、聯(lián)接順利、結(jié)構(gòu)優(yōu)化、布局合理的歸納交通運(yùn)送系統(tǒng)有待時(shí)日，不同運(yùn)送方法之間協(xié)調(diào)缺乏、聯(lián)接不暢。運(yùn)送結(jié)構(gòu)不合理，鐵路在歸納交通運(yùn)送中的優(yōu)勢(shì)未得到充沛發(fā)揮。2016年全社會(huì)貨運(yùn)量中鐵路占比僅7.7%，公路占比則高達(dá)78%。全社會(huì)貨品周轉(zhuǎn)量中鐵路貨品周轉(zhuǎn)量占13%，公路則占比33.6%。
南京物流公司服務(wù)系統(tǒng)尚不健全。"干、支、末"與"物流紐帶、物流園區(qū)、物流中心、配送中心、終端網(wǎng)點(diǎn)"等構(gòu)成的物流網(wǎng)絡(luò)很不完善，干線之間、干線支線之間、干線、支線與配送之間、支線與結(jié)尾之間均存在許多薄弱環(huán)節(jié)。物理基礎(chǔ)設(shè)備網(wǎng)絡(luò)、信息網(wǎng)絡(luò)、運(yùn)營(yíng)網(wǎng)絡(luò)尚在構(gòu)成之中。公共物流基礎(chǔ)設(shè)備、社會(huì)化物流基礎(chǔ)設(shè)備、企業(yè)自營(yíng)物流基礎(chǔ)設(shè)備之間的比例不盡合理。受經(jīng)濟(jì)、生產(chǎn)力、基礎(chǔ)設(shè)備、市場(chǎng)化程度、信息化水平、需求等要素的影響，物流業(yè)空間散布"東高西低"（如西部地區(qū)鐵路展開(kāi)滯后，路網(wǎng)規(guī)劃小，物流節(jié)點(diǎn)少），城市物流相對(duì)興旺，物流公司、物流設(shè)備、物流活動(dòng)高度集中在交通、信息更為興旺的大中城市，鄉(xiāng)村物流十分滯后且水平低下。"最早一公里""中心換裝一公里""結(jié)尾配送與投遞一公里"問(wèn)題杰出。南京物流公司從農(nóng)產(chǎn)品進(jìn)城到中心運(yùn)送環(huán)節(jié)的流轉(zhuǎn)再到城市內(nèi)部的配送、快遞分段進(jìn)行，運(yùn)作流程多、效率低、本錢高。物流資源整合缺乏，各類物流資源渙散、分立、切割，物流資源缺少和資源糟蹋并存。
"規(guī)劃化、集約化、高效率"的現(xiàn)代流轉(zhuǎn)系統(tǒng)沒(méi)有構(gòu)成。批發(fā)、零售等傳統(tǒng)流轉(zhuǎn)方法仍占主流，流轉(zhuǎn)環(huán)節(jié)多、流轉(zhuǎn)渠道長(zhǎng)、買賣次數(shù)高，組織化程度低，流轉(zhuǎn)方法落后，流轉(zhuǎn)本錢居高不下。如農(nóng)產(chǎn)品流轉(zhuǎn)首要采納農(nóng)民-經(jīng)紀(jì)人-產(chǎn)地批發(fā)市場(chǎng)-銷地批發(fā)市場(chǎng)-零售終端這一傳統(tǒng)形式，多環(huán)節(jié)買賣延長(zhǎng)了物流周期，增加了南京物流公司本錢。醫(yī)藥流轉(zhuǎn)從生產(chǎn)者到運(yùn)用者，中心歷經(jīng)多級(jí)批發(fā)商、經(jīng)銷商、醫(yī)藥代表、醫(yī)療機(jī)構(gòu)、零售商等，各環(huán)節(jié)層層加價(jià)。
供應(yīng)鏈管理系統(tǒng)缺少。從現(xiàn)在國(guó)家供應(yīng)鏈、區(qū)域供應(yīng)鏈、職業(yè)供應(yīng)鏈、企業(yè)供應(yīng)鏈看，國(guó)家間、區(qū)域間、職業(yè)間、企業(yè)間難以樹(shù)立深層次互利共贏、資源同享的協(xié)作機(jī)制，難以展開(kāi)上下游企業(yè)流程優(yōu)化和功用整合，難以有用產(chǎn)業(yè)鏈、供應(yīng)鏈和價(jià)值鏈。
物流規(guī)范系統(tǒng)不健全。南京物流公司規(guī)范包含物流設(shè)備、設(shè)備、專用工具等技術(shù)規(guī)范，也包裝、倉(cāng)儲(chǔ)、裝卸、運(yùn)送等作業(yè)規(guī)范，還包含收集、加工、處理、交換和應(yīng)用等物流信息規(guī)范。物流設(shè)備和設(shè)備的規(guī)范化是物流業(yè)展開(kāi)中一個(gè)關(guān)鍵問(wèn)題，規(guī)范化關(guān)系到各種物流功用、要素的有用聯(lián)接和協(xié)調(diào)展開(kāi)，很大程度上影響著社會(huì)物流效率的進(jìn)步。因物流規(guī)范面廣量大、內(nèi)容繁雜，一致規(guī)范難度很大，加之物流規(guī)范化作業(yè)相對(duì)滯后，使得物流規(guī)范化程度較低。并且，物流規(guī)范化系統(tǒng)還存在條塊切割、部門切割，基本設(shè)備缺少一致規(guī)范、規(guī)范之間缺少有用聯(lián)接等問(wèn)題，進(jìn)一步增加了搬倒、分揀、包裝等環(huán)節(jié)。如托盤規(guī)范不一致，托盤不能循環(huán)運(yùn)用，物流操作需屢次轉(zhuǎn)移，預(yù)計(jì)一年至少增加商品損耗約400億元。
物流信息服務(wù)系統(tǒng)不完善。南京物流公司信息化和網(wǎng)絡(luò)化建設(shè)滯后，沒(méi)有構(gòu)成強(qiáng)大、互聯(lián)互通的信息服務(wù)系統(tǒng)，不同物流方法之間的信息碎片化、孤立化。許多部門和單位自建的信息數(shù)據(jù)庫(kù)，實(shí)際上是一個(gè)個(gè)信息孤島。同一運(yùn)送方法之間不同企業(yè)之間、供需雙方之間信息缺少連接與同享。物流資源配置不能在更大范圍內(nèi)進(jìn)行，信息不對(duì)稱或信息缺失使得供需失衡。信息缺失和不對(duì)稱使得貨運(yùn)空載問(wèn)題杰出。
應(yīng)急物流服務(wù)系統(tǒng)嚴(yán)重滯后。南京物流公司能力薄弱，在應(yīng)對(duì)各類重大突發(fā)性事情時(shí)，難以做到"第一時(shí)間"應(yīng)急物資的保證。
